La mise en application de la DCE dans les Départements d'Outre-mer rencontre quelques difficultés spécifiques. Si des réseaux de surveillance y ont progressivement été mis en place pour le suivi de la physico-chimie et la chimie des milieux aquatiques, l'évaluation de leur qualité biologique nécessite un effort particulier en termes de connaissance et d'outils de bio-indication. En effet, les indices biologiques mis en place en métropole ne sont pas utilisables dans les DOM-COM du fait de spécificités biogéographiques et climatiques conduisant à des cortèges d'espèces très sensiblement différents et souvent méconnus, faute de laboratoires scientifiques implantés sur place et spécialisés dans les milieux aquatiques. Dans ce contexte, Asconit Consultants et le Cemagref ont été sollicités par l'Office de l'Eau de la Réunion pour une étude de 3 ans visant à caractériser les cortèges diatomiques des cours d'eau sur le plan floristique et à étudier les préférences hydroécologiques et la sensibilité-tolérance des espèces aux principales altérations anthropiques. La finalité opérationnelle de l'étude est la mise au point d'un indice diatomique spécifiquement adapté à ce contexte insulaire, ainsi que d'un atlas taxonomique utile à sa mise en application par de futurs opérateurs de routine. 5 campagnes saisonnières de terrain, conduites entre l'automne 2008 et la fin 2010 sur 55 stations régulières et quelques sites particuliers additionnels, ont permis la réalisation couplée de mesures et échantillonnages physico-chimiques, ainsi que de plus de 270 échantillonnages diatomiques couvrant les différents contextes naturels (sites de référence) et d'altération anthropique qu'il est possible de rencontrer à la Réunion. La démarche faisant l'objet de cette présentation a suivi le cheminement suivant : tout d'abord, une biotypologie établie grâce à un réseau neuronal non supervisé (SOM) a permis de repérer les principaux assemblages de diatomées sous influence de facteurs de forçage naturels (identification de plusieurs cortèges de référence), ainsi que des assemblages inféodés à différents types et intensités d'altérations anthropiques. Une étude d'inertie et d'auto-corrélation entre les différents descripteurs d'altération anthropique (DBO5, PO4, NH4, NO3 etc ) a ensuite été réalisée à l'aide d'analyses multivariées. Puis les profils de qualité des espèces suffisamment rencontrées et suffisamment structurantes pour entrer dans la composition du nouvel indice ont été élaborés en tirant parti de toute l'information disponible, encore limitée vis-à-vis de l'objectif (notamment sur le plan de l'amplitude des gradients anthropiques pris en compte). Enfin, suite à plusieurs essais, une formule de calcul du nouvel indice a été proposée. Sa robustesse, ainsi que la stabilité de ses résultats, seront à vérifier avec un jeu de données de validation indépendant (données ultérieures issues des futures campagnes de surveillance).