De manière générale, la contamination des cours d'eau par les pesticides agricoles est saisonnière, les concentrations les plus élevées étant mesurées pendant et après l'application, lors d'événements pluvieux. Ceci implique que les organismes aquatiques se trouvent temporairement exposés à des concentrations pouvant être très élevées (« pulses »). La survie de ces organismes dans le milieu va donc dépendre de leurs capacités respectives à résister puis à restaurer ces capacités entre deux pics. L'évaluation de l'impact des pesticides et de la résilience des communautés dans un tel contexte d'exposition devrait permettre d'améliorer les systèmes d'évaluation de l'effet des pollutions chimiques. Ce travail avait pour objectif d'étudier l'effet à court terme de l'atrazine et de l'isoproturon, deux herbicides spécifiques de l'appareil photosynthétique fréquemment rencontrés dans les cours d'eau, sur des biofilms de rivière dominés par les diatomées. Des communautés naturelles ont été collectées puis exposées au laboratoire à chacun de ces herbicides (0-100 aM). Des mesures de fluorescence de la chlorophylle en lumière modulée (φPSII et Fv/Fm) ont été régulièrement effectuées, non seulement pendant les 7 heures d'exposition à chaque herbicide mais également après transfert dans un milieu propre (36 h). Nos résultats montrent que l'isoproturon est plus toxique que l'atrazine, mais que tous les effets observés sont réversibles après 12 h dans un milieu non contaminé. La comparaison des paramètres de fluorescence choisis permet de mettre en évidence que la restauration des capacités photosynthétiques des biofilms dépend du temps d'exposition, la stratégie adoptée variant d'un herbicide à l'autre. Ces résultats permettent de valider l'utilisation combinée de φPSII et Fv/Fm comme marqueur de la toxicité des herbicides. Ils devraient aussi permettre de mieux modéliser la réponse et les capacités de résilience des communautés périphytiques exposées à des cocktails de pesticides, présentant ou non les mêmes modes d'action.