La Directive-Cadre européenne sur l'Eau (DCE) 2000/60/CE, a fixé comme objectif de retrouver le « bon état écologique » des eaux de surface et souterraines d'ici 2015 dans chaque Etat-Membre de l'Union Européenne. Le bon état écologique est défini par le faible écart avec une référence correspondant à des conditions non perturbées. Les diatomées benthiques des cours d'eau sont l'un des maillons biologiques-clés identifiés par l'Union Européenne pour diagnostiquer l'Etat Ecologique des cours d'eau dans tous les Etats-Membres. Au niveau du territoire français métropolitain, l'antériorité de la connaissance écologique des espèces, la constitution de référentiels de données importants et la mise au point d'indices diatomiques désormais bien calés permet de définir et d'évaluer cet état écologique. En revanche, bien que la DCE ait également vocation à s'y appliquer dans les meilleurs délais, la situation est beaucoup plus complexe dans les DOM-TOM en termes de connaissance taxonomique et hydro-écologique, ainsi que pour la mise au point d'outils de diagnostic pertinents dans le contexte biogéographique local. En effet, du fait de l'isolement géographique et du climat, la flore des diatomées est encore insuffisamment connue et suivie pour que les indices diatomiques mis en place en Europe continentale puissent y être utilisés de manière optimale. A ce titre, il n'existe pas à l'heure actuelle d'indice diatomique directement utilisable pour la pratique de la bioindication diatomique en Guyane française. Dans le cadre du réseau guyanais de surveillance et de référence 2008, l'examen de la flore des diatomées benthiques et planctoniques de 43 stations répartis sur 16 cours d'eau a permis d'inventorier plus de 500 taxons. Lors de l'analyse des échantillons de diatomées, nous nous sommes trouvé confrontés à de nombreux problèmes floristiques car la microflore diatomique de ces régions, caractérisée par un fort endémisme, reste peu étudiée. Ce poster illustre, en microscopie optique et électronique, quelques diatomées représentatives des cours d'eau guyanais.