Afin d'améliorer les indicateurs diatomiques de qualité globale des eaux, dont la performance vis-à-vis de l'enrichissement organique et trophique des cours d'eau est déjà bien connue, il est nécessaire de progresser sur les effets spécifiques de la pollution diffuse par les pesticides agricoles sur les communautés de diatomées épilithiques. Une étude de terrain dans les rivières des Côteaux de Gascogne a permis de mettre en relation des concentrations en pesticides mesurées à différentes stations dans des gradients amont-aval et la composition des communautés de diatomées prélevées sur galets ou ayant colonisé des substrats artificiels sur des périodes de 3 semaines. Pour décrire au mieux l'environnement chimique auquel les diatomées sont exposées pendant ces périodes, des capteurs passifs (POCIS) placés dans le courant à côté des substrats artificiels, ont mesuré les concentrations moyennes en différents herbicides, intégrant dans le temps les fortes variations liées aux précipitations. La comparaison des résultats de 2 stations sur la Gèze, un affluent du Gers, donne des informations sur l'effet possible du S-métolachlore, un herbicide couramment employé sur les cultures de maïs. En effet, sur une période allant du 28 avril au 20 mai 2008, aucun pesticide n'a été détecté à la station la plus en amont. En revanche, à la seconde station, quelques kilomètres en aval, une concentration moyenne très élevée en S-métolachlore a été relevée en intégré sur 3 semaines (>1 μg/L), reflétant une culture intensive du maïs sur les côteaux adjacents. L'analyse de la composition des communautés de diatomées des biofilms formés sur les substrats artificiels aux deux stations permet de distinguer les espèces potentiellement sensibles à l'herbicide, qui baissent en abondance, de diatomées plus tolérantes qui se maintiennent ou se développent d'une station à l'autre. Ces résultats sur substrats artificiels sont aussi comparés à la composition des biofilms prélevés sur des galets aux mêmes stations et qui intègrent des périodes plus longues d'exposition aux pesticides. Au-delà de ces premiers résultats encore partiels, la poursuite de ce programme sur plus de dates et plus de stations de cours d'eau devrait permettre d'acquérir une information écologique permettant de classer un nombre accru d'espèces en fonction de leur sensibilité ou de leur tolérance à la pollution par les pesticides.