Les biens et services rendus par les estuaires à la société classent ces écosystèmes parmi les plus productifs de la planète. En particulier, la productivité et la richesse biologique de ces milieux sont liées à la capacité de leur mosaïque d’habitats à assurer des fonctions essentielles aux cycles biologiques des espèces qui les fréquentent. Comme dans les autres grands estuaires, la compréhension et la caractérisation des enjeux environnementaux dans l’estuaire de la Gironde passent par une meilleure connaissance du rôle écologique des habitats estuariens. En 2006, le GIP Loire Estuaire (GIPLE) a initié une démarche qui a abouti à l’élaboration d’un SIG dit ‘SIG Habitat Fonctionnels’ (SIG-HF) destiné à cartographier les fonctionnalités écologiques majeures associées à la mosaïque d’habitats de la partie aval de l’estuaire de la Loire. Le SIG-HF est un outil novateur d’évaluation spatialisée des fonctionnalités environnementales de l’estuaire qui permet de dépasser les aspects purement patrimoniaux pour appréhender l’écosystème d’un point de vue fonctionnel. Il consiste à cartographier les fonctionnalités écologiques associées aux habitats de l’estuaire. Il repose sur la capacité à modéliser et cartographier la distribution des principales espèces faunistiques dans le milieu et à caractériser leur utilisation des habitats i.e. les fonctions écologiques associées (ex. nourricerie, alimentation, reproduction, corridor migratoire pour les poissons, halte migratoire, hivernage pour les oiseaux…).