S’appuyant sur la nécessité d’expliciter le rôle écologique des habitats pour appréhender les aspects fonctionnels liés aux écosystèmes estuariens, l’accent a été mis, dans le cadre de BEEST, sur le développement d’un Système d’Information Géographique capable de cartographier les fonctions écologiques associées aux estuaires. Cet outil innovant, baptisé SIG ‘Habitats Fonctionnels’, se fonde sur la conjugaison du concept de niche écologique (Hutchinson 1957) et de la théorie des filtres environnementaux (Tonn et al. 1990, Keddy 1992). Le présent rapport détaille l’état d’avancement de la démarche de développement collaboratif d’un tel outil sur les trois estuaires. Elle s’appuie sur le retour d’expérience du GIP Loire Estuaire dont la mise en place d’un SIG ‘Habitats Fonctionnels’ sur la partie aval de la Loire constitue un succès prometteur.