Le renforcement de la réglementation sur les études d’impacts implique qu’un regard nouveau soit porté sur les territoires et leurs patrimoines écologiques. Les études environnementales en amont des projets doivent dès lors évoluer dans leurs objectifs et leurs méthodologies afin de proposer des expertises qui ne soient plus exclusivement ciblées sur les espèces et espaces protégés de la zone restreinte de l’aménagement déclaré d’utilité publique. L’analyse d’un spectre élargi de la biodiversité et du fonctionnement écologique global du territoire d’insertion d’un projet doit désormais être la règle. Cet article s’intéresse aux potentialités écologiques d’un territoire et expose une méthode pour en hiérarchiser les enjeux en prenant comme cas d’étude l’Outarde canepetière sur le territoire d’implantation de la LGV entre Nîmes et Montpellier. La méthode se base sur un modèle qui fournit des indices d’utilisation et d’évitement potentiel d’habitats et sur une démarche cartographique permettant de proposer un outil d’aide à la décision dans la conception d’une infrastructure de transport terrestre.