La présente étude a pour but de décrire les peuplements de poissons rencontrés dans les plans d’eau et en particulier en zone littorale, puis de modéliser les réponses de ces peuplements à l’altération de l’hydromorphologie en tenant compte de la variabilité naturelle et des pressions qui s’exercent sur les bassins versants des lacs. Les peuplements piscicoles des lacs français sont suivis depuis 2005 selon un protocole d’échantillonnage normalisé (C.E.N. 2005). A partir de ces pêches, l’ichtyofaune a été caractérisée par diverses métriques d'abondance et de composition (tolérance, reproduction, trophie, origine, effectifs; biomasse et diversité). L’hydromorphologie de la majorité de ces plans d’eau a été évaluée à l’aide du protocole dit "Lake Habitat Survey" (Rowan et al., 2003; Rowan et al., 2006). Ce dernier permet de caractériser les habitats avec le Lake Habitat Quality Assesssment Score (LHQA), indice rendant compte de la qualité des zones littorales et le Lake Habitat Modification Score (LHMS) caractérisant leurs altérations. Nous avons montré que les assemblages de la zone littorale sont caractérisés par les plus fortes valeurs de métriques en termes de richesse spécifique, d'effectifs capturés et de biomasse pour les lacs naturels et les retenues. Cependant, sur plus de 90% des métriques, aucune différence significative n’est observée entre les assemblages des différentes zones pour les lacs obtenus par creusement. Peu de métriques piscicoles sont corrélées aux variables caractérisant les habitats pour les lacs naturels, et aucune en ce qui concerne les retenues. La modélisation, par arbres de régression, n’a pas permis d’établir des relations entre les métriques calculées à partir des captures en zone littorale et la dégradation des habitats de cette même zone tant pour les lacs naturels que pour les retenues. Plusieurs hypothèses ont été émises pour expliquer ces résultats et des perspectives d’analyses ont été avancées aussi bien au niveau de l’échantillonnage que des analyses statistiques (calculs de nouvelles métriques piscicoles, utilisation de variables explicatives différentes…).