La Directive 2000/60/CE (DCE) vise à l'atteinte ou au maintien du Bon Etat Ecologique des masses d'eau européennes. Mise en oeuvre depuis une douzaine d’années sur les cours d’eau d’Europe continentale, elle doit aussi s’appliquer dès que possible dans certains de ses territoires ultramarins dont les Départements Français d’Outre-mer. En raison des conditions locales très particulières caractéristiques de ces contextes (insularité et/ou isolement géographique, substrat géologique, climatologie locale), les cortèges biologiques, très originaux par rapport à ceux que l’on peut trouver sur le territoire métropolitain, restent encore largement méconnus. Ils doivent donc être décrits et leur écologie doit être étudiée afin de pouvoir générer de nouveaux outils de bio-indication adaptés au contexte biogéographique de l’endroit. Un programme de recherche-développement visant à l’investigation des flores des cours d’eau, puis au développement d’un indice diatomique adapté au contexte Antillais, a donc été mis en place à partir de 2009 avec l’appui financier des Offices de l’Eau et des DEALs de Martinique et de Guadeloupe, ainsi que de l’ONEMA. Sa réalisation en a été confiée au consortium Asconit–Irstea. Un programme initial de 3 ans a été suivi de campagnes supplémentaires 2012 et 2013 destinées à éclairer certains aspects particuliers insuffisamment documentés dans le jeu de données initial. Au total, 607 relevés prélevés sur 132 sites différents de terrain ont été exploitables, associant la description des conditions abiotiques des stations (dont chimie de l’eau) au moment des relevés et la composition des assemblages diatomiques multispécifiques exprimée en abondances relatives. Une biotypologie a été réalisée en utilisant une technique neuronale non-supervisée, la Self-Organizing Map (SOM), qui a permis de caractériser les assemblages typiques de différentes conditions naturelles et l’influence des gradients d’anthropisation. La composition de ces assemblages a été caractérisée sur la base des principales espèces structurantes, hiérarchisées à l’aide de l’INDVAL. Les préférences auto-écologiques des assemblages typiques ont été calculées et ont fait l’objet de tests de significativité statistique. Enfin, l’auto-écologie particulière de chaque espèce a pu être caractérisée sur la base de moyennes pondérées. Différents enseignements opérationnels ont été tirés pour la genèse de l’IDA (Indice Diatomique Antilles) et du système d’évaluation qui en a été dérivé pour les cours d’eau des Antilles Françaises.