Les variations de taille (biovolume) et de forme des diatomées peuvent révéler des perturbations de la biocénose. Le Flowcam® (cytomètre couplé à de l’acquisition d’image, classification automatique) a été utilisé afin d’estimer les capacités de l’appareil (x20) à déterminer les tailles et les biovolumes de diatomées. Des comparaisons entre des mesures effectuées au microscope optique et au flowcam ont été réalisées sur des diatomées en culture. Deux morphotypes de Gomphonema gracile (normal et tératogène) dans deux états (vivantes et après digestion H2O2) ont été utilisés. Les performances du Flowcam ont été estimées à partir de ces quatre échantillons, les limites et précautions d’utilisations ont été répertoriées. Les images obtenues doivent être validées systématiquement par un observateur, car de nombreuses photos ne sont pas exploitables pour permettre d’obtenir des mesures fiables des dimensions. Les photos exploitables permettent d’obtenir une qualité variable de l’estimation des dimensions réelles (mesures microscopes), en effet : •les longueurs sont non significativement différentes pour 30% des échantillons. Le solde des mesures (70%) indique une sous-estimation de l’ordre de 5 à 7% (longueur de l’ordre de 31 µm) et de 7 à 12% (longueur de l’ordre de 18 µm). •les largeurs sont non significativement différentes pour 70% des échantillons. Le solde des mesures (30%) indique une sur-estimation de l’ordre de 8 à 14% (largeur de l’ordre de 5 µm). •les biovolumes n’ont pu être calculés car l’estimation de l’épaisseur des diatomées est significativement différente pour tous les échantillons avec une surestimation de l’ordre de 6 à 85%. Cette surestimation augmente avec la diminution de l’épaisseur des diatomées. •Pour combler l’absence d’information concernant les biovolumes. Une comparaison des surfaces des diatomées en vue valvaire a été réalisée, le Flowcam a la possibilité à partir des photos obtenues de calculer la surface occupée par la diatomée. Cette surface a été comparée à celle obtenue par calcul (formule mathématique) à l’aide des mesures effectuées au microscope. Les surfaces sont non significativement différentes pour 30% des échantillons. Le solde des mesures (70%) indique une sous-estimation de l’ordre de 6 à 12%.