Les cyanobactéries, antérieurement appelées algues bleues, sont présentes sur la planète depuis près de 3 milliards d'années et sont à l'origine de l'oxygène atmosphérique. Ce terme englobe au moins 150 genres et 4400 espèces vivant dans les milieux marins et d'eaux douces mais aussi en milieux terrestres. Certaines vivent en symbiose avec des animaux ou des plantes. Elles sont de formes assez variées, unicellulaire, coloniale ou filamenteuse et contiennent des pigments leur procurant une couleur bleu-vert ou rouge pour certaines. Toutes photoautotrophes, elles nécessitent peu d'éléments pour croitre, essentiellement de l'eau, du gaz carbonique, de la lumière, des nutriments (azote et phosphore principalement). Elles utilisent alors la photosynthèse pour se développer. Certaines d'entre elles, peuvent produire des molécules odorantes (géosmine) et des toxines. Ces dernières ont des impacts toxiques sur les autres êtres vivants dont l'homme. Du point de vue de la santé humaine, elles sont réparties en 3 catégories : hépatotoxines altérant les cellules du foie, neurotoxines perturbant les cellules nerveuses et dermatotoxines entrainant des allergies cutanées. Les mécanismes déclenchant la production de toxines restent encore insuffisamment connus. Les cyanobactéries sont des organismes très compétitifs dans les milieux d'eau douce car certaines résistent à la dessiccation, peuvent croitre en conditions extrêmes ou encore fixer l'azote atmosphérique, ce qui leur confère un avantage par rapport aux autres espèces du phytoplancton. Ainsi, dans certaines conditions, elles peuvent proliférer, on parle alors d'efflorescences (ou blooms). Ces efflorescences, qui arrivent plutôt en été et en automne sont favorisées par l'augmentation de la température des eaux, les apports en nutriments, la stabilité de la colonne d'eau et les fortes luminosités. Elles ont des conséquences souvent très visibles sur le fonctionnement des écosystèmes. En effet, elles diminuent la biodiversité de la communauté algale, génèrent des quantités importantes de matière organique pouvant entrainer des périodes d'anoxies après la mort des organismes, durant leur dégradation par les bactéries. Ces anoxies peuvent, par exemple, induire des mortalités piscicoles et favoriser des relargages de phosphore depuis les sédiments.