Les maires du territoire des communautés de communes des grands lacs (CCGL) et de Mimizan (Landes) ont la responsabilité de surveiller la qualité des zones de baignades des lacs de Cazaux-Sanguinet, Parentis-Biscarrosse et Aureilhan. Ces plans d'eau, à forte fréquentation touristique estivale, subissent des épisodes de prolifération de cyanobactéries sur certaines zones de baignade pouvant ainsi, limiter les activités récréatives. En réponse aux préconisations de l'Agence Régionale de la Santé (ARS), la CCGL a souhaité mettre en place un protocole plus réactif pour le suivi et l'alerte des cyanobactéries. En effet, la règlementation française préconise une surveillance visuelle des zones de baignade, couplée lorsque la situation est jugée anormale, à la détermination de la concentration en cyanobactéries et en microcystines. Or cela nécessite le prélèvement d'un échantillon et l'analyse en différé au laboratoire. Le protocole expérimental élaboré entre la CCGL et Irstea, repose sur deux approches complémentaires, un réseau de surveillance permanent et un suivi renforcé sur les zones considérées "à risques". Le réseau permanent s'appuie sur une liste d'acteurs locaux prêts à alerter tout au long de l'année, la CCGL lors d'apparition de signes visuels traduisant la présence anormale de cyanobactéries. Le suivi spécifique est appliqué durant la période printanière, estivale et automnale et consiste à quantifier in situ par un fluorimètre (sonde Bbe AlgaeTorch), la concentration en chlorophylle totale et la part attribuable aux cyanobactéries. L'avantage de cette méthode est d'avoir une première et rapide évaluation des quantités de cyanobactéries présentes. Les résultats obtenus sont ensuite utilisés pour définir les mesures de gestion à appliquer selon l'arbre décisionnel réglementaire adapté. L'utilisation de la sonde est validée en ce qui concerne l'estimation de la quantité totale de chlorophylle (r²>0,8). Les niveaux d'alertes obtenus par l'arbre décisionnel adapté sont majoritairement comparables à ceux de la réglementation. L'ensemble des analyses réalisées démontre que le protocole expérimental pourrait, dans l'avenir, être utilisé en routine sur les plans d'eau considérés.