Les estuaires et les zones côtières subissent de fortes variations de salinité, de température, de concentration en oxygène dissous et en turbidité. Ces fluctuations surviennent du fait de l’influence intertidale et des mélanges entre masses d’eau douce et masses d’eau marine. Ces caractéristiques particulières confèrent aux zones estuariennes de très fortes productivités (McLusky 1989). Les caractéristiques intrinsèques des complexes estuariens (eg caractéristiques physico-chimiques, hydro-morphologiques ou contraintes anthropiques) induisent de grandes fluctuations de la faune piscicole, tant en terme d’abondance que de composition. De par leur niveau trophique, les poissons sont de bons indicateurs de la qualité des milieux. L’objectif de ce travail est d’utiliser cette fonction d’indicateur biologique des peuplements de poissons. Ceci, afin d’évaluer l’état écologique des masses d’eau de transition françaises comme l’estuaire de la Seine. Une méthodologie basée sur la construction de métriques simples, mais qui reflètent des fonctionnalités importantes de ces écosystèmes, permet une approche claire de l’évaluation de l’état des masses d’eau, à partir de la composante poisson. L’élaboration de cet indicateur poisson répond donc à un besoin d’outils de gestion pertinents et accessibles, susceptibles d’apporter les informations nécessaires sur l’état de ces milieux afin d’en maintenir, voire améliorer la qualité. Ce rapport se décompose en plusieurs parties et débute sur les choix méthodologiques de développement de l’indicateur poisson en l’absence de données de références. Cette particularité des systèmes estuariens qui, contrairement aux eaux côtières ou continentales, n’offre plus de milieux de référence, à savoir encore dans un état sauvage ou proche de celui- ci, implique donc une approche particulière. Ainsi les divers types de pressions anthropiques perturbant ces systèmes estuariens ont été répertoriés afin de classer les masses d’eau de transition selon leur niveau de pression subi. Cette démarche a pour objectif de définir les caractéristiques des peuplements de poissons selon les types d’estuaires et leur niveau de pressions humaines.