La Directive Cadre Européenne sur l’Eau (DCE) adoptée en juin 2000 a pour objet de prévenir, à l’échelle communautaire, toute dégradation supplémentaire des écosystèmes aquatiques, d’en préserver et d’en améliorer l’état écologique. Cette Directive se traduit par la nécessité de porter, dans un premier temps, un diagnostic sur l’état écologique des masses d’eau après en avoir classifié les types et établi des situations de référence correspondant à des situations non ou très peu perturbées (articles 3 et 5, annexe II), de repérer l’origine et l’importance des perturbations anthropiques (article 5), d’en surveiller l’évolution (article 8), afin, dans un second temps, d’améliorer et restaurer la qualité des milieux perturbés (article 4) en regard des usages. La présente étude vise à contribuer à la définition des modalités d’application de la DCE lors de ses différentes étapes. Elle vise en particulier à définir des clés d’évaluation et de suivi de l’état écologique des milieux de transition spécifiques que sont les estuaires.