Dans le contexte biogéographique particulier des Antilles, qui comporte de nombreuses espèces de diatomées tropicales inconnues en métropole, aucune méthode de bio-indication diatomique pré-existante ne s’est avérée fiable pour le diagnostic d’état écologique des cours d’eau. Afin de pouvoir mettre en ½uvre la DCE, qui doit aussi s’appliquer dans les DOM français, les services gestionnaires de Martinique et de Guadeloupe (Offices de l’Eau, DEALs) appuyés par l’ONEMA ont lancé en 2009 un programme de recherche-transfert de 3 à 4 ans destiné à repérer et identifier les flores diatomiques de chaque Île, à étudier leur écologie et à mettre en place un indice diatomique spécifique utilisable ensuite pour diagnostiquer l’état écologique dans le cadre des réseaux de surveillance de routine. Ce programme réalisé par le consortium ASCONIT-IRSTEA a permis de prospecter, au cours de 5 campagnes saisonnières de prélèvement, un total de 110 stations réparties sur les deux îles et d’effectuer 483 échantillonnages permettant de recueillir de façon couplée plus d’une trentaine de descripteurs abiotiques (dont 27 descripteurs physico-chimiques) et des échantillonnages de biofilms diatomiques représentatifs de l’état des stations. Parmi eux, 475 relevés complets ont été pleinement exploitables. 470 taxons diatomiques différents ont pu être recensés et être pris en compte dans les comptages. Une analyse exploratoire réalisée à partir d’une technique neuronale non supervisée (SOM) a permis de dégager une typologie des assemblages naturels et de ceux structurés par les principaux types d’altérations rencontrés aux Antilles. Des techniques multivariées classiques (ACP, ACC) ont permis d’expliciter la structuration des gradients abiotiques présents et leur correspondance avec la distribution des espèces et la composition des assemblages. L’IDA (Indice Diatomique des Antilles) a été bâti sur un gradient composite d’anthropisation intégratif de 9 variables abiotiques significativement influencées par les pressions humaines. Après repérage de l’étendue du domaine de variation naturelle des sites de référence, le gradient composite d’anthropisation a été divisé en 5 classes de qualité abiotique ensuite utilisées pour décliner les profils écologiques des espèces constitutives. Après seuillage sur l’occurrence et les abondances relatives, 179 taxons ont été suffisamment occurrents et abondants pour qu’il soit possible de leur calculer un profil de qualité écologique et de les faire participer au calcul de l’indice. 49 d’entre eux sont considérés comme taxons d’alerte et contribuent à la diminution des notes d’indice. Dans le cadre du présent rapport final, qui a intégré les inflexions méthodologiques discutées lors du comité de pilotage final de l’étude initiale, deux grands ensembles naturels ont été repérés pour décliner une stratégie d’EQRs servant de base à l’évaluation d’état écologique : une zone volcanique peu minéralisée commune aux parties volcaniques des 2 îles, sur laquelle l’espèce NINC est considérée comme taxon d’alerte, et une zone de plaines très minéralisées concernant uniquement la zone des Mornes de Martinique qui ne prend pas en compte NINC comme taxon d’alerte. Le système d’évaluation testé ici donne des résultats relativement satisfaisants sur le plan global, mais semble perfectible sur certains sites particuliers. Il sera consolidé ultérieurement avec l’acquisition de données complémentaires acquises sur des sites ciblés, qui viseront notamment à mieux cerner le profil écologique de NINC et les modalités définitives de sa mobilisation dans le calcul de l’IDA.