L’ile de la Réunion, de par son caractère insulaire et son isolement, présente de grandes particularités des assemblages biologiques, doublée d’un fort taux d’endémisme. Les diatomées des cours d’eau ne font pas exception à ce constat, et étaient fortement méconnues jusqu’à un passé récent. Or la connaissance des espèces présentes et de leur écologie est le premier pas pour leur protection face aux pollutions et aux pressions qui s’exercent sur leurs habitats. Un programme de recherche-développement financé par l’Office de l’Eau de la Réunion, la DEAL Réunion, le FEDER et l’ONEMA a été lancé à partir de 2008 et a duré jusqu’à fin 2013. Il a été conduit par le consortium Asconit-Cemagref (devenu depuis Irstea). Le but était d’identifier les espèces diatomiques locales, de les nommer, de leur affecter une écologie et une écologie de l’altération, de fonder un nouvel indice diatomique adapté à l’évaluation des cours d’eau de la Réunion (l’IDR) et de transférer cette nouvelle méthode avec la production des documents et outils d’accompagnement (guide méthodologique, guide taxonomique, outil de calcul sous R et sa notice d’utilisation etc. Au cours de ce programme, 343 taxons ont pu être identifiés ou reconnus à l’espèce, certains non trouvés dans la littérature taxonomique mondiale se voyant affecter un code de genre et un numéro d’espèce. Le présent Atlas taxonomique édité par l’Office de l’Eau de la Réunion contient un grand nombre de fiches-taxons décrivant la plupart de ces espèces locales, avec des indications morphologiques et des supports iconographiques au microscope optique et électronique permettant de les reconnaître et de les déterminer : des cartes chorologiques permettant de résumer à quels sites ou dans quels cours d’eau on les trouve, de façon différenciée aux deux saisons ; et enfin, des figurations permettant de situer et de résumer leurs caractéristiques autoécologiques par rapport à des variables abiotiques naturelles et à d’autres sous forte influence des altérations anthropiques.