Les impacts sur les diatomées périphytiques du broutage par la macrofaune aquatique sont de plus en plus étudiés ; en revanche les interactions complexes ayant lieu au sein du biofilm entre microflore et micro-méiofaune restent inexplorées. Or, certains des organismes composant la micro-méiofaune (organismes de 2 OEm-2 mm) sont également brouteurs de microalgues, et la pression de prédation peut provoquer une sélection d'espèces (selon leurs dimensions, leurs formes de croissance, etc.) susceptible de modifier la communauté, et par conséquent l'évaluation de la qualité du milieu par les indices diatomiques. Nous avons réalisé un suivi sur 4 cours d'eau du Sud-Ouest de la France, visant quantifier et caractériser la microflore et la micro-méiofaune périphytiques. En termes quantitatifs (nombre d'individus quantifiés dans les biofilms), la micro-méiofaune est généralement dominante, et relativement diversifiée. Nos résultats indiquent que les conditions environnementales (par exemple le type de contamination présent, ciblant l'un ou l'autre des compartiments) structurent fortement les communautés auto- et hétérotrophes, et influencent leurs interactions. Par ailleurs, en utilisant des taux de broutage issus de la littérature, on peut estimer que la quantité de diatomées potentiellement consommée par les protozoaires et les petits métazoaires (rotifères, nématodes) excède de plusieurs ordres de grandeur la quantité de diatomées réellement quantifiée.