La qualité et le fonctionnement des hydrosystèmes sont fortement conditionnés par les caractéristiques des bassins versants dont ils dépendent et des mécanismes qui régissent les interactions entre les compartiments aquatiques et terrestres qui les composent. Si de nombreuses recherches portent sur l'influence de ces interactions sur les caractéristiques physiques et chimiques des milieux aquatiques, force est de constater que la notion de connectivité biologique entre ces compartiments reste peu étudiée à ce jour. De par leur caractère ubiquiste, leur forte abondance et leur grande diversité taxonomique et fonctionnelle, les microorganismes (bactéries, algues, champignons...) jouent un rôle écologique majeur dans tous les types d'écosystèmes. Chaque évènement d'échange entre les compartiments terrestre et aquatique (ex. ruissellement, érosion, crue...) est susceptible d'entrainer a minima le transfert de plusieurs milliards de microorganismes et de leur matériel génétique dans le milieu récepteur, engendrant ainsi potentiellement des conséquences en terme de biodiversité et de potentiel fonctionnel. Ainsi, une première expérience réalisée en 2008 nous a permis de démontrer que des phénomènes d'érosion pouvaient favoriser le transfert des capacités de biodégradation de pesticides de communautés microbiennes d'un bassin versant viticole à celles du sédiment d'un cours d'eau adjacent via l'implantation et le développement des populations terrestres 'biodégradantes' dans le sédiment et/ou le transfert de leur potentiel génétique aux communautés benthiques autochtones (Pesce et al. 20101, 20132). Dans le cadre d'un projet ANR en démarrage (ANTIBIOTOX3), nous ambitionnons à présent de mieux comprendre comment laconnectivité entre le milieu terrestre et le milieu aquatique favorise l'adaptation des communautés microbiennes sédimentaires aux antibiotiques d'origine vétérinaire dans des agrosystèmes contaminés par ces substances (i.e. développement de capacités de résistance et/ou de biodégradation de ces substances). Il s'agira notamment d'appréhender finement la part des mécanismes associés (i.e. implantation de populations d'origine terrestre et/ou transferts horizontaux de gènes). Cela permettra en particulier de mieux identifier les différents processus qui contribuent à la dispersion des antibiorésistances dans les agrosystèmes. Sur la base de ces exemples, nous pourrons ainsi initier une réflexion autour de l'intérêt (et des limites) des communautés microbiennes pour mieux prendre en considération le continuum sol-eau dans les recherches en écologie et écotoxicologie.