L'utilisation de l'habitat et la mobilité saisonnière sont des éléments majeurs de la biologie des populations de poissons. Cependant, peu d'informations sont disponibles sur l'écologie comportementale des poissons holobiotiques dans les grandes rivières européennes. Nous avons évalué les stratégies de sélection de l'habitat et de déplacement de deux espèces indigènes de cyprinidés (le barbeau et le chevaine) et d'une espèce de poisson exotique (le silure) dans les conditions hydrologiques et thermiques artificialisées du Rhône à Bugey. Le régime hydrologique est influencé par la production d'électricité de pointe qui génère des variations de débit infra-journalières (éclusées). Le régime thermique est modifié par les rejets d'eau chaude de la centrale nucléaire de Bugey. En 2009, nous avons étudié la sélection d'habitat individuelle à l'échelle du microhabitat de 5 barbeaux, 7 chevaines et 6 silures avec un équipement de télémétrie acoustique fixe. Les poissons étaient localisés toutes les 3-4 s sur une période de trois mois dans une station d'étude de 2 km. En 2010, nous avons utilisé un équipement de télémétrie acoustique mobile pour évaluer les domaines vitaux longitudinaux et les patrons de déplacements de 37 barbeaux, 23 chevaines et 13 silures pendant sept mois, sur une base hebdomadaire, dans une station de 35.5 km du Rhône à Bugey. La disponibilité en habitat à l'échelle locale et à l'échelle globale était simulée par des modèles hydrodynamiques en deux dimensions (moyenne de la vitesse sur la colonne d'eau) étalonnés et validés sur les stations d'étude. Dans le Rhône, les observations de mouvements le long de routes préférentielles suggèrent que les poissons peuvent mémoriser la bathymétrie et les variations des conditions environnementales (hydraulique et température) du fleuve. À l'échelle locale, les poissons suivis en 2009 modifient leur sélection d'habitat lorsque le débit change en sélectionnant des conditions hydrodynamiques les moins contraignantes possibles. Cette stratégie de sélection d'habitat semble se vérifier à large échelle car les poissons suivis en 2010 peuvent se déplacer rapidement entre des habitats connus. En comparaison avec le silure, le barbeau et le chevaine ont des domaines vitaux longitudinaux plus longs, se déplacent plus et sur de grandes distances avec une plus grande variabilité interindividuelle. Le silure sélectionne des habitats avec une morphologie peu diversifiée, moins sensible aux variations de débit, et avec une température de l'eau plus chaude (e.g. à l'aval des rejets de la centrale nucléaire de Bugey). Les résultats suggèrent que la dégradation de l'habitat est plus dommageable pour les cyprinidés alors que le silure ne semble pas (ou moins) affecté dans les grandes rivières anthropisées.