La présente communication vise à illustrer la capacité du maillon diatomique à illustrer l'effet de pollutions agricoles par les nutriments et par des micropolluants toxiques, sur la base de résultats obtenus à l'échelle nationale des réseaux institutionnels de surveillance d'une part, ainsi qu'à une échelle plus inter-régionale, à partir de résultats expérimentaux obtenus dans le cadre des programmes du GIS ECOBAG (ECOBAG-P1,1995-2000 et ECOBAG-P2, 2001-2006) d'autre part. Les indices diatomiques mis en place par le Cemagref et utilisés à l'échelle nationale des réseaux de surveillance (IPS, IBD) ont déjà largement montré leur aptitude à évaluer la dégradation des milieux aquatiques à partir des pollutions domestiques, agricoles et industrielles, notamment lorsqu'elles provoquent un enrichissement en nutriments des cours d'eau. La méthodologie de surveillance et le type de résultats obtenus sont donc ici présentés. Avec l'avènement de la DCE, est demandé d'adopter un dispositif d'évaluation calé sur des ensembles naturels suffisamment homogènes, en vue d'évaluer les sites soumis à altérations anthropiques par rapport à un niveau de référence adéquat (= celui rencontré dans la zone naturelle considérée). Dans ce but, une biotypologie des flores diatomiques naturelles a été réalisée par le Cemagref, qui doit maintenant servir de base à la mise en place d'un dispositif national d'évaluation diatomique plus adéquat. La suite de la présentation aborde la capacité des biofilms diatomiques à révéler l'effet de produits toxiques. Dans cette optique, les approches écotoxicologiques de terrain ou réalisées en conditions contrôlées de laboratoire semblent une voie plus appropriée. Les travaux et résultats présentés ici ont été acquis dans le cadre de 2 séries de programmes ECOBAG : 1) le programme SFEG-ECODYN, réalisé sur le site Riou-Mort - Lot de la région de Decazeville, qui a permis au maillon des biofilms diatomiques de révéler les effets toxiques occasionnés par des métaux lourds (principalement cadmium et zinc) ; 2) l'autre, réalisé sur la zone des Coteaux de Gascogne (programme IMAQUE), qui s'intéresse à la mise en évidence et à la mesure des effets toxiques occasionnés par les produits phytosanitaires utilisés sur cette zone. Les résultats de ce 2ème volet étant encore en cours d'acquisition (programme devant se terminer fin 2006 pour les aspects de terrain et la mi-2007 pour l'exploitation finale des résultats), les résultats présentés à ce stade s'attachent principalement à illustrer des types d'effets obtenus à partir de pollutions toxiques d'origine métallique. Ils confirment la bonne aptitude du maillon diatomique à révéler ce type de pollutions.