Entre 2008 et 2014, le projet « Gestion forestière, Naturalité et Biodiversité », coordonné par Irstea, l'Office National des Forêts et Réserves Naturelles de France, a eu pour but de comparer des forêts exploitées et non exploitées en France métropolitaine dans le but d'alimenter des réflexions sur les indicateurs de biodiversité forestière. Le Protocole de Suivi Dendrométrique des Réserves Forestières (PSDRF) a suivi de base pour établir des protocoles de relevés de biodiversité (notamment bryophytes et champignons lignicoles). Il a également été utilisa pour la description des relations entre modifications de structure forestière liées à l'abandon de l'exploitation et biodiversité de différents groupes taxonomiques. Plus récemment, en utilisant l'ensemble des données du PSDRF disponibles, il a été possible de généraliser les relations entre dendromicrohabitats et caractéristiques individuelles des arbres sur de larges gradients écologiques. Ces collaborations montrent l'intérêt de la structuration en réseau et de l'homogénéisation d'un protocole pour la recherche. Elles posent aussi la question d'un travail en co-construction avec les acteurs locaux, notamment par la définition de questions communes pouvant intéresser l'ensemble des parties prenantes, à différentes échelles de travail.