La découverte des techniques d’insémination artificielle a constitué, dans les années soixante,une révolution pour les filières d’amélioration génétique. Pendant quarante ans, la loi sur l’élevage de 1966 a organisé le dispositif collectif de sélection animale et permis de hisser le potentiel génétique français au meilleur niveau international. En 2006, la loi d’orientation agricole a marqué une inflexion dans l’organisation institutionnelle de la filière avec la fin des monopoles de zone des centres d’insémination et le passage d’une cogestion État-profession à une gestion collective professionnelle. Dans le même temps, les progrès en bio-informatique et en génie génétique ont permis le développement d’une nouvelle technique d’amélioration génétique:la sélection génomique. Cet article, centré sur le cas des races bovines en France, s’intéresse à cette révolution technologique et à ses impacts institutionnels. Comment les filières et les acteurs s’organisent-ils et s’adaptent-ils à ce nouveau contexte ? Quels sont les défis et risques pour le secteur de l’amélioration génétique?