La présence dans les agroécosystèmes de bactéries pathogènes pouvant être transmises à l’homme représente un risque sanitaire pour l’ensemble de la filière de production des aliments. Le sol est en effet une zone de transfert potentiel de ces agents pathogènes vers les matières premières agricoles, puis vers les produits agroalimentaires, la plupart du temps dans des produits animaux, mais aussi via des produits végétaux également.