Les fromages AOP sont des produits particuliers à emballer. Les caractéristiques de perméabilité aux gaz et à la vapeur d’eau des emballages influent sur la composition de la communauté microbienne et sur son métabolisme comme il est illustré pour deux fromages AOP. L’emballage de portion de Saint Nectaire sous film peu perméable à l’air et à la vapeur d’eau réduit les niveaux de levures et de bactéries d’affinage, altère l’aspect de la croute et modifie le profil aromatique. Il en est de même pour les fromages Bleu d’Auvergne conservés dans des cellules à teneurs contrôlées en O2 et CO2. Une atmosphère contenant 2,5% d’oxygène et 10% de C02 seraient la plus favorable pour obtenir des fromages ayant des caractéristiques microbiennes (diversité des bactéries d’affinage) et un profil de composés d’arôme proches de ceux conservés en pain entier. Cette méthodologie de caractérisation guidera le choix des emballages en fonction de leur perméabilité.