De novo assembly of maritime pine transcriptome: implications for forest breeding and biotechnology
Javier Canales
(1)
,
Rocío Bautista
(1)
,
Philippe Label
(2)
,
Josefa Gómez-Maldonado
(1)
,
Isabelle Lesur Kupin Lesur
(3, 4)
,
Noe Fernandez-Pozo
(1)
,
Marina Rueda-López
(1)
,
Darío Guerrero-Fernández
(1)
,
Vanessa Castro-Rodríguez
(1)
,
Hicham Benzekri
(1)
,
Rafael A Cañas
(1)
,
María-Angeles Guevara
(5)
,
Andreia Rodrigues
(6, 7)
,
Pedro Seoane
(1)
,
Caroline Teyssier
(8)
,
Alexandre A. Morel
(8)
,
François Ehrenmann
(3)
,
Grégoire G. Le Provost
(3)
,
Céline C. Lalanne
(3)
,
Céline Noirot
(9)
,
Christophe Klopp
(9)
,
Isabelle Reymond
(10)
,
Angel García-Gutiérrez
(1)
,
Jean-François Trontin
(10)
,
Marie-Anne Lelu-Walter
(8)
,
Célia Miguel
(6, 7)
,
María Teresa Cervera
(5)
,
Francisco R Cantón
(1)
,
Christophe Plomion
(3)
,
Luc Harvengt
(10)
,
Concepción Avila
(1)
,
M Gonzalo Claros
(1)
,
Francisco M Cánovas
(1)
1
Universidad de Málaga [Málaga] = University of Málaga [Málaga]
2 PIAF - Laboratoire de Physique et Physiologie Intégratives de l'Arbre Fruitier et Forestier
3 BioGeCo - Biodiversité, Gènes & Communautés
4 HelixVenture
5 INIA - Instituto Nacional de Investigación y Tecnología Agraria y Alimentaria = National Institute for Agricultural and Food Research and Technology
6 IBET - Instituto de Biologia Experimental e Tecnológica
7 Instituto de Technologia Quimica e Biologica
8 AGPF - Unité de recherche Amélioration, Génétique et Physiologie Forestières
9 MIAT INRA - Unité de Mathématiques et Informatique Appliquées de Toulouse
10 FCBA - Institut Technologique Forêt Cellulose Bois-construction Ameublement
2 PIAF - Laboratoire de Physique et Physiologie Intégratives de l'Arbre Fruitier et Forestier
3 BioGeCo - Biodiversité, Gènes & Communautés
4 HelixVenture
5 INIA - Instituto Nacional de Investigación y Tecnología Agraria y Alimentaria = National Institute for Agricultural and Food Research and Technology
6 IBET - Instituto de Biologia Experimental e Tecnológica
7 Instituto de Technologia Quimica e Biologica
8 AGPF - Unité de recherche Amélioration, Génétique et Physiologie Forestières
9 MIAT INRA - Unité de Mathématiques et Informatique Appliquées de Toulouse
10 FCBA - Institut Technologique Forêt Cellulose Bois-construction Ameublement
Javier Canales
- Fonction : co premier-auteur
Rocío Bautista
- Fonction : co premier-auteur
Philippe Label
- Fonction : co premier-auteur
- PersonId : 735550
- IdHAL : philippe-label
- ORCID : 0000-0001-7852-5868
- IdRef : 033914915
Isabelle Lesur Kupin Lesur
- Fonction : Auteur
- PersonId : 747480
- IdHAL : isabelle-lesur-kupin
Caroline Teyssier
- Fonction : Auteur
- PersonId : 740962
- IdHAL : caroline-teyssier
- ORCID : 0000-0001-7106-5483
- IdRef : 258410701
François Ehrenmann
- Fonction : Auteur
- PersonId : 747353
- IdHAL : francois-ehrenmann
- ORCID : 0000-0003-2727-0070
Grégoire G. Le Provost
- Fonction : Auteur
- PersonId : 748535
- IdHAL : gregoire-le-provost
- ORCID : 0000-0003-1561-266X
Christophe Klopp
- Fonction : Auteur
- PersonId : 735911
- IdHAL : 0000-0001-7126-5477
- ORCID : 0000-0001-7126-5477
Jean-François Trontin
- Fonction : Auteur
- PersonId : 769787
- ORCID : 0000-0003-4200-2920
- IdRef : 140531459
Marie-Anne Lelu-Walter
- Fonction : Auteur
- PersonId : 735530
- IdHAL : marie-anne-lelu-walter
- ORCID : 0000-0003-4518-8767
- IdRef : 032843984
Célia Miguel
- Fonction : Auteur
- PersonId : 776743
- ORCID : 0000-0002-1427-952X
Christophe Plomion
- Fonction : Auteur
- PersonId : 736161
- IdHAL : christophe-plomion
- ORCID : 0000-0002-3176-2767
- IdRef : 059834471
Luc Harvengt
- Fonction : Auteur
- PersonId : 948038
Résumé
Maritime pine (Pinus pinasterAit.) is a widely distributed conifer species in Southwestern Europe and one of the most advanced models for conifer research. In the current work, comprehensive characterization of the maritime pine transcriptome was performed using a combination of two different next-generation sequencing platforms, 454 and Illumina. De novo assembly of the transcriptome provided a catalogue of 26 020 unique transcripts in maritime pine trees and a collection of 9641 full-length cDNAs. Quality of the transcriptome assembly was validated by RT-PCR amplification of selected transcripts for structural and regulatory genes. Transcription factors and enzyme-encoding transcripts were annotated. Furthermore, the available sequencing data permitted the identification of polymorphisms and the establishment of robust single nucleotide polymorphism (SNP) and simple-sequence repeat (SSR) databases for genotyping applications and integration of translational genomics in maritime pine breeding programmes. All our data are freely available at SustainpineDB, the P. pinaster expressional database. Results reported here on the maritime pine transcriptome represent a valuable resource for future basic and applied studies on this ecological and economically important pine species.