La diversité des écosystèmes lacustres s’explique en partie par la variété hydromorphologique des lacs ; la nature et la répartition du substrat qui tapisse leur fond sont des composantes de ce paramètre. C’est pour cela que la Directive Cadre sur l’Eau impose une description de la nature des sédiments des plans d’eau. Plus généralement, la répartition des substrats peut être considérée comme un facteur de structuration des espèces biologiques qu’abrite un lac. Des outils traditionnels comme l’utilisation d’une benne à sédiment ou d’une caméra subaquatique permettent de déterminer la nature des substrats de manière très ponctuelle mais ces techniques atteignent leurs limites lorsque tout un plan d’eau doit être caractérisé. Depuis les années 1980 des méthodes de caractérisation des sédiments utilisant des outils acoustiques qui permettent d’obtenir des informations en continu le long de parcours réalisés par un navire ont été développées et commercialisées. Pour l’application aux écosystèmes lacustres, de part leur mise en oeuvre, les systèmes utilisant les échosondeurs mono‐faisceau paraissent les plus appropriés. Ces appareils permettent de réaliser des cartes de la répartition des substrats à l’échelle du lac. Les informations pertinentes qui permettent de décrire un état biologique potentiel ou de définir un état initial peuvent être ainsi intégrer dans la mise en place des réseaux de suivi de la qualité des milieux.