Genome-wide association study identifies three new melanoma susceptibility loci
Jennifer H. Barrett
(1)
,
Mark M. Iles
(1)
,
Mark Harland
(1)
,
John C. Taylor
(1)
,
Joanne F. Aitken
(2)
,
Per Arne Andresen
(3)
,
Lars A. Akslen
(4, 5)
,
Bruce K. Armstrong
(6)
,
Marie-Françoise Avril
(7)
,
Esther Azizi
(8, 9)
,
Bert Bakker
(10)
,
Wilma Bergman
(10)
,
Giovanna Bianchi-Scarra
(11)
,
Brigitte Bressac-de Paillerets
(12, 13, 14)
,
Donato Calista
(15)
,
Lisa A. Cannon-Albright
(16)
,
Eve Corda
(12)
,
Anne E. Cust
(17, 18)
,
Tadeusz Dębniak
(19)
,
David Duffy
,
Alison M. Dunning
,
Douglas F. Easton
,
Eitan Friedman
(8, 9)
,
Pilar Galan
(20)
,
Paola Ghiorzo
(11)
,
Graham G. Giles
(17)
,
Johan Hansson
,
Marko Hočevar
,
Veronica Hoeiom
,
John L. Hopper
(17)
,
Christian Ingvar
,
Bart Janssen
,
Mark A. Jenkins
(17)
,
Goeran Joensson
,
Richard F. Kefford
(6)
,
Giorgio Landi
(15)
,
Maria Teresa Landi
,
Julie Lang
,
Jan Lubinski
(19)
,
Rona Mackie
,
Josep Malvehy
,
Nicholas G. Martin
,
Anders Molven
(4, 5)
,
Grant W. Montgomery
,
Frans A. van Nieuwpoort
(10)
,
Srdjan Novakovic
,
Håkan Olsson
,
Lorenza Pastorino
(11)
,
Susana Puig
,
Joan Anton Puig-Butille
,
Juliette Randerson-Moor
(1)
,
Helen Snowden
(1)
,
Rainer Tuominen
,
Patricia Vanbelle
,
Nienke van Der Stoep
(10)
,
David C. Whiteman
,
Diana Zelenika
,
Jiali Han
,
Shenying Fang
,
Jeffrey E. Lee
,
Qingyi Wei
,
G. Mark Lathrop
,
Elizabeth M. Gillanders
,
Kevin M. Brown
,
Alisa M. Goldstein
,
Peter A. Kanetsky
,
Graham J. Mann
(6)
,
Stuart Macgregor
,
David E. Elder
,
Christopher I. Amos
,
Nicholas K. Hayward
,
Nelleke A. Gruis
(10)
,
Florence Demenais
(12)
,
Julia A. Newton Bishop
(1)
,
D. Timothy Bishop
(1)
1
St. James's University Hospital
2 Cancer Council
3 Oslo University Hospital [Oslo]
4 UiB - University of Bergen
5 Haukeland University Hospital
6 The Westmead Institute for Medical Research
7 UPD5 - Université Paris Descartes - Paris 5
8 Sheba Med Ctr
9 TAU - Tel Aviv University
10 Universiteit Leiden = Leiden University
11 UniGe - Università degli studi di Genova = University of Genoa
12 Fdn Jean Daussel CEPH
13 IGR - Institut Gustave Roussy
14 Département de biologie et pathologie médicales [Gustave Roussy]
15 Maurizio Bufalini Hospital = Ospedale “M. Bufalini” di Cesena
16 University of Utah
17 University of Melbourne
18 University of Sydney
19 Pomeranian Med Univ
20 UREN - Unité de Recherche en Epidémiologie Nutritionnelle
2 Cancer Council
3 Oslo University Hospital [Oslo]
4 UiB - University of Bergen
5 Haukeland University Hospital
6 The Westmead Institute for Medical Research
7 UPD5 - Université Paris Descartes - Paris 5
8 Sheba Med Ctr
9 TAU - Tel Aviv University
10 Universiteit Leiden = Leiden University
11 UniGe - Università degli studi di Genova = University of Genoa
12 Fdn Jean Daussel CEPH
13 IGR - Institut Gustave Roussy
14 Département de biologie et pathologie médicales [Gustave Roussy]
15 Maurizio Bufalini Hospital = Ospedale “M. Bufalini” di Cesena
16 University of Utah
17 University of Melbourne
18 University of Sydney
19 Pomeranian Med Univ
20 UREN - Unité de Recherche en Epidémiologie Nutritionnelle
Bert Bakker
- Fonction : Auteur
- PersonId : 767587
- ORCID : 0000-0002-6491-5045
David Duffy
- Fonction : Auteur
Alison M. Dunning
- Fonction : Auteur
Douglas F. Easton
- Fonction : Auteur
Graham G. Giles
- Fonction : Auteur
- PersonId : 780114
- ORCID : 0000-0003-4946-9099
Johan Hansson
- Fonction : Auteur
Marko Hočevar
- Fonction : Auteur
Veronica Hoeiom
- Fonction : Auteur
Christian Ingvar
- Fonction : Auteur
Bart Janssen
- Fonction : Auteur
Goeran Joensson
- Fonction : Auteur
Maria Teresa Landi
- Fonction : Auteur
Julie Lang
- Fonction : Auteur
Rona Mackie
- Fonction : Auteur
Josep Malvehy
- Fonction : Auteur
- PersonId : 784094
- ORCID : 0000-0002-6998-914X
Nicholas G. Martin
- Fonction : Auteur
Grant W. Montgomery
- Fonction : Auteur
Srdjan Novakovic
- Fonction : Auteur
Håkan Olsson
- Fonction : Auteur
Susana Puig
- Fonction : Auteur
- PersonId : 766612
- ORCID : 0000-0003-1337-9745
Joan Anton Puig-Butille
- Fonction : Auteur
Rainer Tuominen
- Fonction : Auteur
Patricia Vanbelle
- Fonction : Auteur
David C. Whiteman
- Fonction : Auteur
Diana Zelenika
- Fonction : Auteur
Jiali Han
- Fonction : Auteur
Shenying Fang
- Fonction : Auteur
Jeffrey E. Lee
- Fonction : Auteur
Qingyi Wei
- Fonction : Auteur
G. Mark Lathrop
- Fonction : Auteur
Elizabeth M. Gillanders
- Fonction : Auteur
Kevin M. Brown
- Fonction : Auteur
Alisa M. Goldstein
- Fonction : Auteur
Peter A. Kanetsky
- Fonction : Auteur
Stuart Macgregor
- Fonction : Auteur
David E. Elder
- Fonction : Auteur
Christopher I. Amos
- Fonction : Auteur
Nicholas K. Hayward
- Fonction : Auteur
Résumé
We report a genome-wide association study for melanoma that was conducted by the GenoMEL Consortium. Our discovery phase included 2,981 individuals with melanoma and 1,982 study-specific control individuals of European ancestry, as well as an additional 6,426 control subjects from French or British populations, all of whom were genotyped for 317,000 or 610,000 single-nucleotide polymorphisms (SNPs). Our analysis replicated previously known melanoma susceptibility loci. Seven new regions with at least one SNP with P < 10(-5) and further local imputed or genotyped support were selected for replication using two other genome-wide studies (from Australia and Texas, USA). Additional replication came from case-control series from the UK and The Netherlands. Variants at three of the seven loci replicated at P < 10(-3): an SNP in ATM (rs1801516, overall P = 3.4 x 10(-9)), an SNP in MX2 (rs45430, P = 2.9 x 10-9) and an SNP adjacent to CASP8 (rs13016963, P = 8.6 x 10(-10)). A fourth locus near CCND1 remains of potential interest, showing suggestive but inconclusive evidence of replication (rs1485993, overall P = 4.6 x 10(-7) under a fixed-effects model and P = 1.2 x 10(-3) under a random-effects model). These newly associated variants showed no association with nevus or pigmentation phenotypes in a large British case-control series.