La flore intestinale joue un rôle majeur dans l'homéostasie de l'épithélium colique. Elle contribue, par ses fonctionnalités, au développement de l'intestin et à la physiologie colique, en particulier par la transformation de composés alimentaires non digérés dans l'intestin grêle, et des secrétions endogènes. Elle contribue également à l'éducation du système immunitaire et à la protection contre des agents pathogènes. Cependant, une part importante de ces bactéries est encore mal connue en termes d'identification et/ou de fonctionnalité. Afin de mieux aborder les interactions flore-épithélium, une approche globale d'étude de la flore intestinale a été développée. Cette approche a consisté à construire deux banques génomiques contenant de grands fragments des génomes clonés à partir de l'ADN total de l'ensemble de la fraction bactérienne dominante de la microflore intestinale humaine, issue soit de malades atteints de maladie de Crohn, soit de donneurs sains. En parallèle au séquençage de ces génomes et à la caractérisation du microbiote [1], cette banque est utilisée pour identifier des molécules-« signal » capables d'influencer les cellules épithéliales de l'hôte. Notre objectif a donc été de cribler ces clones pour leur capacité à moduler la prolifération cellulaire in vitro.