Gene loss and evolutionary rates following whole-genome duplication in teleost fishes

Frédéric Brunet; Hugues Roest Crollius; Mathilde Paris; Jean-Marc Aury; Patricia Gibert; Olivier Jaillon; Vincent Laudet; Marc Robinson-Rechavi

doi:10.1093/molbev/msl049

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Gene loss and evolutionary rates following whole-genome duplication in teleost fishes

Frédéric Brunet ^{1, 2, 3} Hugues Roest Crollius ³ Mathilde Paris ^{1, 2, 3} Jean-Marc Aury ⁴ Patricia Gibert ^{5, 6} Olivier Jaillon ⁴ Vincent Laudet ^{1, 2, 3} Marc Robinson-Rechavi ⁷

1 Unité mixte de recherche biologie moléculaire de la cellule

2 LBMC - Laboratoire de Biologie Moléculaire de la Cellule

3 ENS Cachan - École normale supérieure - Cachan

4 UMR 8030 - Génomique métabolique

5 LBBE - Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558

6 Génétique et évolution des interactions hôtes-parasites

GINSENG - Département génétique, interactions et évolution des génomes [LBBE]

7 Department of Ecology and Evolution, Biophore

Frédéric Brunet ^{1, 2, 3}
Author

Hugues Roest Crollius ³
Author
PersonId : 175223
IdHAL : hugues-roest-crolliusORCID : 0000-0002-8209-173XIdRef : 134614461

Mathilde Paris ^{1, 2, 3}
Author
PersonId : 741650
IdHAL : mathilde-parisORCID : 0000-0001-6166-6672IdRef : 133424960

Jean-Marc Aury ⁴
Author
PersonId : 756899ORCID : 0000-0003-1718-3010

Patricia Gibert ^{5, 6}
Author
PersonId : 21690
IdHAL : patricia-gibertORCID : 0000-0002-9461-6820IdRef : 175383537

Olivier Jaillon ⁴
Author
PersonId : 756900ORCID : 0000-0002-7237-9596IdRef : 119733374

Vincent Laudet ^{1, 2, 3}
Author

Marc Robinson-Rechavi ⁷
Author

1 Unité mixte de recherche biologie moléculaire de la cellule (69364 Lyon - France) StructId : 52187

ENS Lyon - École normale supérieure - Lyon (15 parvis René Descartes - BP 7000 - 69342 Lyon Cedex 07 - France) StructId : 6818
INRA - Institut National de la Recherche Agronomique : UMR1237 (France) StructId : 92114
CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique (France) StructId : 441569

2 LBMC - Laboratoire de Biologie Moléculaire de la Cellule (46 allée d'Italie 69364 Lyon Cedex 07 - France) StructId : 39378

ENS Lyon - École normale supérieure - Lyon (15 parvis René Descartes - BP 7000 - 69342 Lyon Cedex 07 - France) StructId : 6818
UCBL - Université Claude Bernard Lyon 1 (43, boulevard du 11 novembre 1918, 69622 Villeurbanne cedex - France) StructId : 194495
- Université de Lyon (92 rue Pasteur - CS 30122, 69361 Lyon Cedex 07 - France) StructId : 301088
INSERM - Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale : U1210 (101, rue de Tolbiac, 75013 Paris - France) StructId : 303623
CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR5161 (France) StructId : 441569

3 ENS Cachan - École normale supérieure - Cachan (61, avenue du Président Wilson - 94230 Cachan - France) StructId : 6862

4 UMR 8030 - Génomique métabolique (GENOSCOPE, 2 rue Gaston Crémieux 91057 Evry Cedex - France) StructId : 21582

GENOSCOPE - Genoscope - Centre national de séquençage [Evry] : DRF/JACOB (2, rue Gaston Crémieux CP5706 91057 EVRY Cedex - France) StructId : 55375
- Université Paris-Saclay (Bâtiment Bréguet, 3 Rue Joliot Curie 2e ét, 91190 Gif-sur-Yvette - France) StructId : 419361
- DRF (CEA) - Direction de Recherche Fondamentale (CEA) : DRF/JACOB (Direction de Recherche Fondamentale Fundamental Research Division CEA Saclay 91191 Gif-sur-Yvette - France) StructId : 465913
  - CEA - Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (Centre de Saclay Centre de Grenoble Centre de Cadarache etc - France) StructId : 300016
UEVE - Université d'Évry-Val-d'Essonne (Boulevard François Mitterrand 91025 Evry Cedex - France) StructId : 300306
CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR8030 (France) StructId : 441569

5 LBBE - Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (43 Bld du 11 Novembre 1918 69622 VILLEURBANNE CEDEX - France) StructId : 10025

UCBL - Université Claude Bernard Lyon 1 (43, boulevard du 11 novembre 1918, 69622 Villeurbanne cedex - France) StructId : 194495
- Université de Lyon (92 rue Pasteur - CS 30122, 69361 Lyon Cedex 07 - France) StructId : 301088
Inria - Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Domaine de Voluceau Rocquencourt - BP 105 78153 Le Chesnay Cedex - France) StructId : 300009
VAS - VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (Université de Lyon, VetAgro Sup, 69280 Marcy l'Etoile (campus vétérinaire); Université de Clermont, VetAgro Sup, 63370 Lempdes (campus agronomique) - France) StructId : 301767
CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR5558 (France) StructId : 441569

6 Génétique et évolution des interactions hôtes-parasites (LBBE 43 Bld du 11 Novembre 1918 69622 VILLEURBANNE CEDEX - France) StructId : 543498

GINSENG - Département génétique, interactions et évolution des génomes [LBBE] (LBBE 43 Bld du 11 Novembre 1918 69622 VILLEURBANNE CEDEX - France) StructId : 543489
- LBBE - Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (43 Bld du 11 Novembre 1918 69622 VILLEURBANNE CEDEX - France) StructId : 10025
  - UCBL - Université Claude Bernard Lyon 1 (43, boulevard du 11 novembre 1918, 69622 Villeurbanne cedex - France) StructId : 194495
    - Université de Lyon (92 rue Pasteur - CS 30122, 69361 Lyon Cedex 07 - France) StructId : 301088
  - Inria - Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Domaine de Voluceau Rocquencourt - BP 105 78153 Le Chesnay Cedex - France) StructId : 300009
  - VAS - VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (Université de Lyon, VetAgro Sup, 69280 Marcy l'Etoile (campus vétérinaire); Université de Clermont, VetAgro Sup, 63370 Lempdes (campus agronomique) - France) StructId : 301767
  - CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR5558 (France) StructId : 441569

7 Department of Ecology and Evolution, Biophore (Switzerland) StructId : 482035

Université de Lausanne (Faculté des géosciences et de l'environnement Géopolis ARVE Group CH 1015 Lausanne - Switzerland) StructId : 464355

Keywords : TELEOST FISH WHOLE-GENOME DUPLICATION

Mots-clés : GENOMIQUE

Document type :

Journal articles

Domain :

Life Sciences [q-bio] / Biochemistry, Molecular Biology

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https://hal.inrae.fr/hal-02660787
Contributor : Migration ProdInra Connect in order to contact the contributor
Submitted on : Saturday, May 30, 2020 - 9:05:59 PM
Last modification on : Saturday, June 25, 2022 - 8:28:46 PM

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HAL Id : hal-02660787, version 1
DOI : 10.1093/molbev/msl049
PRODINRA : 19272

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Frédéric Brunet, Hugues Roest Crollius, Mathilde Paris, Jean-Marc Aury, Patricia Gibert, et al.. Gene loss and evolutionary rates following whole-genome duplication in teleost fishes. Molecular Biology and Evolution, Oxford University Press (OUP), 2006, 23 (9), pp.1808-1816. ⟨10.1093/molbev/msl049⟩. ⟨hal-02660787⟩

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