Les modèles théoriques de taxation des émissions polluantes ne sont pas directement applicables au cas de la pollution par la fertilisation azotée du fait de son caractère diffus. A défaut de pouvoir taxer la pollution réelle, une alternative consiste à taxer les achats d'engrais. Mais cette assiette de taxation ne peut se traduire par une réduction des émissions de nitrates que s'il existe des itinéraires techniques en azote suffisamment viables et efficaces pour réduire effectivement le risque de pollution. Or, la rigidité de la combinaison productive limite fortement les possibilités d'ajustement des pratiques agricoles, et résorber les inefficacités techniques n'est pas synonyme de moins polluer. Aussi, les auteurs pensent qu'il faut élargir l'assiette de taxation à l'ensemble du système de culture polluant et subventionner les solutions techniques élaborées par les agronomes afin d'orienter directement les choix des agriculteurs. Cette démarche conduit à chercher les modalités de mise en place d'un système combinant redevances et subventions et à s'interroger sur les possibilités d'évolution des systèmes intensifs de production en agriculture.