Influence de la biodégradation bactérienne des antibiotiques sur le devenir de ces substances et la dispersion des antibiorésistances dans les agrosystèmes
Résumé
L’exposition environnementale des bactéries aux antibiotiques favorise la dispersion et le développement de capacités de résistance (antibiorésistance), engendrant un risque sanitaire majeur. Par ailleurs, il a récemment été mis en évidence dans des sols traités aux antibiotiques des bactéries capables d’utiliser ces substances pour leur croissance [1]. La dégradation bactérienne des antibiotiques pourrait être un moyen de réduire la pression de sélection positive qu’ils exercent sur la dispersion des antibiorésistances. Ma thèse se propose de vérifier cette hypothèse par l’exploration des scénarii de dispersion des capacités de résistance et de dégradation des antibiotiques dans l’ensemble de l’agrosystème, depuis le milieu terrestre jusqu’au cours d’eau récepteur.La présente étude s’intéresse plus particulièrement à la fertilisation des sols par l’épandage d’effluents d’élevage, une voie connue de dispersion des antibiotiques et des antibiorésistances [2]. Nous avons conçu une expérience en microcosmes dans laquelle quatre sols ont été traités ou non avec- un antibiotique sulfamidé à usage vétérinaire (sulfaméthazine)- une souche capable de le dégrader (Microbacterium sp. C448)- des souches résistantes apportées par du lisier porcin où elles étaient naturellement présentes (8 traitements, n=5).A l’issu d’un mois d’incubation durant lequel la minéralisation de l’antibiotique a été suivi, nous avons évalué l’impact des traitements sur (i) la communauté bactérienne globale par séquençage de l’ADNr 16S, (ii) la diversité microbienne résistante reflet de la dispersion de l’antibiorésistance par séquençage post culture sélective, (iii) l’abondance des capacités de résistance et de dégradation par quantification des gènes sul et sad associés, (iv) l’installation de Microbacterium sp. C448 par quantification de son gène gyrB, et (v) la fonctionnalité de la dégradation de la sulfaméthazine par radiorespirométrie. Cette étude permettra une meilleure compréhension des risques et bénéfices liés à la dispersion environnementale des capacités de dégradation d’antibiotiques.