Génomique comparative basée sur les transcriptomes de trois espèces du genre Ixodes
Résumé
Le groupe des tiques (en particulier le genre Ixodes) a fait l'objet d'efforts récents de séquençage transcriptomique, ayant visé en particulier l'établissement de catalogue des gènes exprimés dans les glandes salivaires. Ces catalogues ont été étudiés principalement espèce par espèce. Dans un objectif plus large d'établissement des répertoires de gènes codants de ces espèces, d'étude de leurs variations d'expression et de leur dynamique évolutive (duplications, taux d'évolution), nous avons recensé et analysé des transcriptomes correspondant à divers tissus (le maximum de données possibles), pour trois espèces : Ixodes scapularis, ricinus et persulcatus. Les données de RNAseq Illumina ont été nettoyées et assemblées de novo pour chaque espèce. Les contigs obtenus ont ensuite été analysés pour obtenir une collection non-redondante et aussi complète que possible de gènes codants pour chaque espèce. Une analyse de complétude à partir de gènes conservés chez les eukaryotes (gènes "CEGMA") ou chez les arthropodes ("BUSCO") montre un caractère très complet des collections de gènes obtenues (98% des 2712 gènes conservés chez les arthropodes étant retrouvés pour chaque espèce). Nous avons pu ensuite commencer à annoter ces collections de gènes et à les comparer du point de vue évolutif : environ 10000 familles de gènes sont ainsi partagées entre les trois espèces, ce qui nous permet d'estimer certains paramètres comme les taux d'évolution. Un travail en cours sur les protéines spécifiques des glandes salivaires nous permettra d'identifier des particularités évolutives de ces gènes (taux d'évolution potentiellement accéléré pour certaines de ces séquences, pouvant indiquer des gènes sous sélection positive)