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Conference papers

Caractérisation rapide de la diversité génétique des populations de Pseudomonas syringae dans les vergers et cultures par PCR multiplex

Résumé : Le chancre bactérien des arbres fruitiers causé par P. syringae engendre des pertes économiques importantes à l’échelle mondiale. Avec l’expansion du chancre du kiwi causé par P. s. pv. actinidiae (Psa) et le chancre de l’abricotier causé par P. s. pv. syringae (Pss), il est nécessaire d’identifier les réservoirs des souches pathogènes. L’un des réservoirs potentiels est le couvre-sol des vergers. Une solution pourrait être le développement de pratiques d’ingénierie écologique, plus précisément la gestion des couvre-sols dans le but de réduire leur impact en tant que source d’inoculum des maladies bactériennes des arbres fruitiers causées par P. syringae et augmenter leur rôle en tant que réserve de microorganismes antagonistes des pathogènes des arbres fruitiers. Cependant, avec la découverte récente de la complexité de la phylogénie de P. syringae et l’existence de phylogroupes renfermant plus de souches agressives que d’autres (Psa dans le phylogroupe 1, Pss dans le phylogroupe 2), l’un des premiers objectifs est le développement d’une méthode de détection spécifique, par PCR, permettant une identification rapide et précise des différents phylogroupes de P. syringae. Actuellement la seule méthode disponible est le séquençage de gènes spécifiques et conservés. La mise en application de cette nouvelle technique de génotypage permettrait l’analyse d’échantillons de grande taille. Cette technique pourrait également être utilisée en tant qu’outil de surveillance des champs et vergers. Effectivement, utiliser une technique ne ciblant qu’un seul pathovar peut être insuffisant sachant qu’il n’est pas rare d’avoir des espèces de plantes susceptibles à différentes souches de P. syringae. Ici seront présentés la mise au point de cette technique, ainsi qu’un exemple d’application concret (la structure des populations de P. syringae en vergers de kiwis).
Document type :
Conference papers
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https://hal.inrae.fr/hal-02740524
Contributor : Migration Prodinra <>
Submitted on : Tuesday, June 2, 2020 - 11:14:11 PM
Last modification on : Friday, February 5, 2021 - 4:10:39 AM
Long-term archiving on: : Wednesday, December 2, 2020 - 8:21:54 PM

File

2015_Borschinger_SPE_1.pdf
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Identifiers

  • HAL Id : hal-02740524, version 1
  • PRODINRA : 325155

Citation

Benoit Borschinger, Charlotte Chandeysson, Claudia Bartoli, Caroline Guilbaud, Luciana Parisi, et al.. Caractérisation rapide de la diversité génétique des populations de Pseudomonas syringae dans les vergers et cultures par PCR multiplex. 7. Journées des Doctorants SPE, Jul 2015, Rennes, France. ⟨hal-02740524⟩

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