Les truffes sont des champignons ascomycètes appartenant au genre Tuber et formant des associations ectomycorrhiziennes avec les arbres et les arbustes. Parmi la centaine d’espèces de truffes existant dans le monde, la truffe noire du Périgord (Tuber melanosporum Vittad.) est une des espèces les plus appréciées à cause de ces qualités organoleptiques. Afin de mieux comprendre la biologie et l’évolution de cette truffe, son génome a été récemment séquencé grâce aux efforts du Tuber Genome Consortium et du Génoscope. Ces données génomiques ont permis de caractériser des marqueurs microsatellites très polymorphes. La truffe noire est une espèce hétérothallique et les gènes de compatibilité sexuelle (mating type) ont aussi été identifiés. Cette étude a pour objectif de mieux connaître 1) la structure génétique au sein d’une truffière productrice; 2) la dynamique des génotypes et 3) la distribution des génotypes des deux types sexuels. Pour mener à bien cette analyse une plantation truffière située à Rollainville (Vosges) a été sélectionnée. Des fructifications, des ectomycorhizes et du sol ont été échantillonnés et cartographiés pendant deux saisons de production au niveau du brulé de deux noisetiers et d’un chêne (~50 m2). Le génotypage a été effectué en combinant 10 marqueurs microsatellites et le locus qui détermine le type de compatibilité sexuelle. Nous avons observé une grande diversité avec de nombreux génotypes (10 en 2010-2011 et 13 en 2011-2012) de petite taille puisque la plupart font moins de 2 m2. Seule trois génotypes ont été retrouvés les deux saisons de récolte. La répartition, au niveau du système racinaire, des individus de T. melanosporum en fonction de leur gène de compatibilité sexuel est non aléatoire. Une division claire et stable pendant deux ans a été observée avec deux zones distinctes comprenant plusieurs génotypes du même type sexuel. Ce résultat suggère une compétition pour la colonisation du système racinaire en fonction du type sexuel. Par contre, dans les échantillons de sol, il a été possible d'identifier les deux types sexuels dans la plupart des échantillons. En conclusion, cette étude démontre que les truffières sont des écosystèmes dynamiques avec un renouvellement des individus suggérant que la truffe investie préférentiellement dans la reproduction sexuée pour sa dissémination. Ces résultats ont des implications pratiques pour les trufficulteurs et la gestion des truffières.