Les variations communes de séquence d’ADN existantes chez l’Homme modifient l’expression des gènes et contribuent à la susceptibilité aux maladies complexes. Notre objectif est d’établir la relation entre le contrôle transcriptionel du tissu adipeux blanc et la susceptibilité à l’adiposité et au diabète mis en évidence chez le rat spontanément diabétique de la souche Goto-Kakizaki (GK). En utilisant des puces à ADN Illumina, nous avons analysé l’expression d’environ 20,000 gènes dans le tissu adipeux blanc d’une population F2 (n = 138) derivée du GK et du rat contrôle Brown-Norway (BN) et d’une lignée congénique portant sur un fond génétique BN, les allèles GK à un locus génetique (QTL) lié à l’adiposité. Les loci liés à l’expression des gènes (eQTL) ont été identifiés dans la population F2 en utilisant R/QTL, validés dans la lignée congénique par qRT-PCR, et analysés en relation avec la séquence génomique du GK produite au laboratoire. Nous avons identifié sur le génome entier, 585 eQTLs statistiquement significatifs (LOD > 9). La région 1q33 (8,3Mb), qui coségrège avec un QTL d’adiposité, contient 172 gènes candidats positionnels, parmi lesquels 44 correspondent à un eQTL. Nous avons validé l’expression différentielle de 27 de ces 44 gènes dans la lignée congénique, qui montrent pour 48 % d’entre eux un effet de régulation transcriptionnelle en cis. L’analyse de 20,000 polymorphismes SNPs présents dans la région 1q33 nous a permis d’éliminer les eQTLs faux positifs et d’entreprendre l’analyse fonctionnelle de polymorphismes localisés sur les gènes candidats positionnels du QTL lié à l’adiposité, parmi lesquels le facteur de transcription ASCL3 (LOD > 43). L’utilisation combinée de données du transcriptome et de séquençage nous a permis d’élucider le contrôle transcriptionnel du tissu adipeux blanc chez un modèle de diabète et d’identifier des gènes candidats fonctionnels et positionnels au locus1q33 associé à l’adiposité chez le rat GK.