Les agents pathogènes des plantes sont le plus souvent étudiés exclusivement dans les agrosystèmes sans prendre en compte les niches écologiques situées hors du contexte agricole ou botanique. En santé humaine il est pourtant bien démontré que la survie de pathogènes humains dans l’environnement peut avoir des répercussions sur leur pouvoir pathogène chez l’homme (Cangelosi et al. 2004). Notre laboratoire s’engage résolument dans une nouvelle dimension de la recherche en phytopathologie avec la bactérie modèle Pseudomonas syringae (Morris et al 2009). P. syringae représente actuellement un des meilleurs modèles d’agent phytopathogène largement dispersé en dehors du contexte agricole et donc une bonne opportunité pour aborder cette démarche. Les données du laboratoire montrent qu’elle est présente tout au long du cycle de l’eau, elle s’élève jusqu’aux nuages, retombe sur terre avec les précipitations, pluie ou neige, et établit des populations dans les rivières, leur biofilms épilithes et les plantes sauvages avoisinantes (Morris et al 2008). Le pouvoir glaçogène de certaines souches est suspecté de jouer un rôle dans le déclenchement des précipitations dans les nuages (Morris et al 2004) participant ainsi à l’équilibre écologique global de la planète. Cette découverte impose d’élargir les champs d’investigation concernant ces agents au-delà des agrosystèmes ce qui représente en phytopathologie, un nouveau paradigme proposé récemment par Morris et al (2009). Un projet pionnier sur la diversification d’agents phytopathogènes en milieu naturel est ainsi développé au laboratoire. Cette démarche est illustrée ici par l’étude d’un compartiment particulier, les biofilms épilithes qui tapissent le lit des rivières et représentent un habitat important tant par leur étendue que par leur nature puisqu’ils sont le siège d’une vie microbienne intense et spécifique. P. syringae a été détectée dans 50 % des biofilms épilithes dans plusieurs rivières françaises et américaines (Morris et al 2007) et les souches sont identiques pour leur pouvoir pathogène à celles isolées de plantes cultivées (Morris et al. 2008). Nous recherchons le rôle des micro-algues, composante biotique principale en biomasse dans la structuration des populations de P. syringae et en particulier la sélection de traits relatifs au pouvoir phytopathogène. Cangelosi et al. 2004. A report of the American Academy of Microbiology, Washington, DC (USA), http://www.asm.org/ASM/files/ccLibraryFiles/FILENAME/000000001402/EnvironMicroBW.pdf, 18 p. Morris et al 2004. J Phys IV France 121:87-103. Morris et al 2007. Infect Genet Evol 7, 84-92. Morris et al 2008. The ISME Journal 2:321-334. Morris et al 2009. PLoS Pathog. 5(12)