La mise au point de stratégies de maitrise de l’eutrophisation des plans d’eau nécessite de réduire la charge des apports externes en phosphore. Cela suppose de comprendre le fonctionnement de leurs bassins versants en tant que « systèmes de transfert du phosphore » déterminant qualitativement et quantitativement les flux à l’exutoire. La modélisation de ce système de transfert à l’échelle du bassin permet de disposer d’un outil pour tester les évolutions de bassin (périurbanisation, pratiques agricoles, climat…). C’est dans ce cadre que s’inscrit le projet d’étude du bassin versant du lac du Bourget. Les bilans actuels des apports en phosphore et leurs spéciations montrent une réduction des flux de phosphore total (P) au lac et une augmentation relative des flux de phosphore particulaire à la charge externe, ce qui laisse supposer l’existence d’une pollution résiduelle non négligeable d’origine diffuse. Nous formulons l’hypothèse que le système de transfert se trouve particulièrement modifié par l’extension périurbaine du bassin versant du lac du Bourget, déterminant de nouveaux bilans d’exportations (spéciations et époques). La modélisation porte sur deux sous-bassins versants (un agricole et un périurbanisé). L’accent est mis sur la pollution diffuse agricole et le rôle des surfaces urbanisées comme facteurs de réorganisation des conditions d’écoulement et producteur de flux de phosphore. Le fonctionnement des bassins est modélisé à l’aide du logiciel SWAT, une série d’observations et d’indicateurs est enregistré pour rendre compte de l’évolution saisonnière, des risques de ruissellement et des connections hydrauliques au niveau de chaque bassin.