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Assemblage de génomes bactériens séquencés par NGS - Comparaison d’outils et choix de paramètres

Résumé : ● Les Méthodes de Séquençage de Nouvelle Génération (NGS) permettent de séquencer rapidement et à faible coût de nouvelles souches. → multiplication des outils d’assemblage de NGS (très nombreuses lectures courtes) + évolution rapide des techniques de séquençage. → nécessité de comparer les diverses stratégies d'assemblage sur un jeu de données commun. ● Objectifs de l’étude : → comparer deux stratégies d'assemblage des régions spécifiques. → évaluer diverses méthodes de nettoyage des lectures (l’assembleur de novo choisi ne prenant pas en compte la qualité des données). → déterminer la couverture minimale suffisante lors d’études de détection de nouveaux gènes.
Liste complète des métadonnées

https://hal.inrae.fr/hal-02758166
Déposant : Migration Prodinra <>
Soumis le : jeudi 4 juin 2020 - 03:11:56
Dernière modification le : jeudi 30 juillet 2020 - 10:14:08

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Identifiants

  • HAL Id : hal-02758166, version 1
  • PRODINRA : 188068

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Citation

Fabien Melchiore, Cyprien Guérin, Pierre Nicolas, Valentin Loux. Assemblage de génomes bactériens séquencés par NGS - Comparaison d’outils et choix de paramètres. JOBIM 2010, Sep 2010, Montpellier, France. MABLI : Methods Algorithmes Bio-Informatique LIRMM, pp.176, 2010, Proceeding of Journées Ouvertes de Biologie, Informatique et Mathématiques 2010 -Montpellier. ⟨hal-02758166⟩

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