Quel modèle utiliser comme support à une négociation inter-firmes visant à améliorer la coordination de leurs échanges ? Partant d'un ensemble de travaux issus de divers cadres théoriques, les auteurs proposent une approche basée sur la modélisation des flux physiques entre entreprises et visant à mettre en lumière les interdépendances conditionnant l'efficacité d'ensemble du système étudié. Cette approche fournit des supports opérationnels à la négociation entre différents acteurs dans le cadre de réorganisations d'une filière. Deux applications (filières viti-vinicole et sucrière) sont proposées.