De nombreuses maladies émergentes apparaissent qui sont dues à des champignons, aussi bien chez les plantes, les animaux que chez l’homme. Il est donc important de comprendre les mécanismes à l’origine de ces maladies, et la biologie évolutive fournit un cadre théorique indispensable, en particulier pour comprendre l’adaptation des pathogènes aux nouveaux environnements ou aux nouveaux hôtes.