L'objectif de cet article est d'étudier la transformation progressive des modes d’organisation dans les petites et moyennes entreprises agroalimentaires depuis les années 1990-2000. Nous mettons l’accent sur l’analyse des processus d’adaptation de l’organisation interne des PME aux évolutions de leur environnement, adaptation cohérente avec la politique de positionnement de ces entreprises dans leur industrie et sur leurs marchés. À partir de l'exploitation d'enquêtes directes menées dans des PME agroalimentaires, nous amenons des éléments de réponse en ce qui concerne le lien entre les nombreuses innovations organisationnelles que nous avons pu constater dans les PME et les innovations technologiques. Nous tenterons ainsi de répondre à la question suivante : l’innovation organisationnelle permet-elle d’accompagner l’innovation technologique ou bien s’agit-il d’une logique d’évolution propre à la structure organisationnelle de l’entreprise ?