Sept stratégies d'échantillonnage d'une core collection sont comparées sur deux collections de populations naturelles d'espèces fourragères (Lolium perenne et Medicago truncatula) préalablement évaluées pour des caractéristiques agronomiques. Les cinq premières stratégies consistent en des tirages aléatoires simples ou stratifiés selon un seul niveau de classification des populations (classifications selon la région ou le pays d'origine, selon les caractéristiques agronomiques avec ou sans contrainte de contiguité géographique, ou encore selon les structures spatiales des populations, déterminées par les méthodes de géostatistiques). Enfin deux autres stratégies déterministes sont testées; elles sont basées sur un critère de maximisation de distance entre populations, ce critère étant appliqué aux données agronomiques de base des populations et à leur composantes spatiales. Les différentes stratégies sont comparées selon deux critères : leur capacité à capturer la diversité phénotypique contenue dans la collection de départ, mesurée par un indice de Shannon, et leur aptitude à restituer la structuration spatiale de la collection globale, mesurée par une distance entre cartes représentant la distribution spatiale de la diversité. Les comparaisons montrent que, chez les deux espèces, les stratégies tenant compte des structures spatiales donnent les meilleurs résultats, aussi bien pour l'indice de diversité global que pour la représentativité des cartes.