Ce document établit le bilan d'une expérience assez innovante de recherche interdisciplinaire sur les pollutions diffuses de l'eau, menée sur le site de La Côte-Saint-André (Isère) de 1992 à 2000. Si les économistes disent tous que l'environnement appelle la coopération entre disciplines, la pratique montre que cette interaction se limite souvent à l'emprunt de "boîtes noires" aux disciplines bio-techniques. L'expérience relatée ici montre une autre voie possible, beaucoup plus intégrée et exigeante, mais qui se heurte à de nombreuses difficultés méthodologiques et épistémologiques. En partant de cette expérience de coopération entre agronomes, hydrologues et économistes, l'exposé tire les enseignements d'une pratique interdisciplinaire plus intégrée. Il observe les différents stades du processus de production conjointe des connaissances, les difficultés nées de la confrontation des expériences et pratiques de chacun. Ces difficultés tiennent en particulier aux différences dans les échelles d'analyse, à la question de l'extrapolation des résultats obtenus dans les différents champs disciplinaires. Puis, il montre le grand intérêt d'une telle démarche pour la discipline économique en mettant en évidence l'originalité des propositions de régulation de la pollution sur lesquelles la recherche débouche.