Les sols agricoles ne sont pas uniquement le support inerte des productions végétales et animales mises en place pour nourrir une population humaine toujours grandissante. Les sols constituent une niche écologique qui héberge de nombreux organismes (macro-, meso- et micro-faune, microorganismes) qui accomplissent de nombreuses fonctions et jouent un rôle important dans la santé des cultures, mais aussi plus globalement des écosystèmes. Toutefois, les sols sont en danger, car comme les autres composantes de l’environnement, ils sont soumis aux changements climatiques mais aussi à de nombreuses pressions anthropiques qui altèrent ses composantes abiotiques et biotiques. L’usage des sols et les pratiques agricoles, notamment l’apport d’intrants chimiques, mais aussi d’intrants organiques possiblement contaminés avec des résidus de pesticides et de composés pharmaceutiques (dont des antibiotiques), exercent un stress important sur les organismes vivants dans les sols compromettant ainsi les services qu’ils rendent. Malgré l’importance évidente des sols pour l’humanité, ils demeurent le parent pauvre du point de vue réglementaire. En effet, si la Commission européenne a publié des directives cadres pour protéger les ressources aquatiques et l’air, la directive cadre sur la protection des sols est perdue dans les méandres administratifs depuis plus de 15 années maintenant. Ainsi, dans l’évaluation du risque a priori des substances actives (SA) entrant dans la composition des pesticides, seul l’effet de la SA sur la minéralisation du carbone et de l’azote dans le sol est requis. Qui plus est, en l’absence de directive cadre sur les sols, l’évaluation a posteriori de l’effet des pesticides sur les microorganismes du sol n’est pas requise réglementairement et elle reste encore l’apanage quasi exclusif des chercheurs en écotoxicologie microbienne de la recherche publique. Toutefois, dans un contexte post millenium ecosystem assessment marqué par l’émergence des concepts de l’anthropocène du One health’ la Commission européenne a mandaté l’Autorité européenne de la sécurité des aliments – EFSA, pour réfléchir à une inflexion de la réglementation de la mise sur le marché des pesticides afin de mieux protéger les sols. Ainsi, l’EFSA a reconnu comme objectif spécifique de protection des services écosystémiques remplis par les sols, ouvrant ainsi de nouvelles perspectives dans l’évaluation du risque des pesticides sur les microorganismes des sols agricoles. Cet exposé visera à montrer les avancées réalisées sur l’écotoxicologie microbienne des pesticides, qui pourraient contribuer à améliorer l’évaluation du risque a priori et a posteriori des pesticides sur les microorganismes du sol et sur les fonctions qu’ils soutiennent.