Le concept d’organisme pluricellulaire isolé montre actuellement ses limites. En effet, un organisme interagit avec différentes communautés microbiennes (constituant son microbiote) qui modulent ses propriétés, telles que sa physiologie (ex. réponse à une attaque pathogène). L’association hôte-microorganismes définit un holobionte, dont le fonctionnement est influencé par la dynamique spatio-temporelle de leurs interactions. Ainsi, un dysfonctionnement de l’holobionte vigne (par exemple lié à des pratiques culturales inadaptées ou aux changements climatiques) pourrait entraîner le développement de maladies ou de désordres physiologiques, sources de dépérissements, de la même manière que l’altération du microbiote observée dans certaines maladies humaines (ex. maladies coeliaques). L’analyse des communautés de microorganismes associées à un végétal a été jusque récemment limitée, car la plupart des microorganismes n’est pas isolable et cultivable in vitro. De nouvelles techniques (nommées - omics) permettent dorénavant de définir les caractéristiques taxonomiques et fonctionnelles (ex. génome, métabolome et protéome) du microbiote total (bactéries/champignons cultivables ou non) associé à une plante. Dans le cadre du projet Holoviti, nous cherchons à caractériser le rôle des microbiotes dans l’homéostasie de la vigne en comparant l’holobionte de ceps sains et affectés par un dépérissement (Esca, court-noué ou lié au 161-49C). L’un de nos objectifs est de définir des bio-indicateurs taxonomiques et fonctionnels (végétaux et microbiens) de l’état sanitaire de l’hôte. À terme, la « manipulation » de la composante microbienne de l’holobionte pourrait permettre d’améliorer les services écosystémiques qu’il remplit, comme la résistance à des agents pathogènes ou à des stress abiotiques.