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Rhizophere analysis of auxin producers harboring the phenylpyruvate decarboxylase pathway

Abstract : L'acide 3-indole acétique (IAA) produit par les micro -organismes de la rhizosphère module la croissance et la physiologie des racines, mais l'analyse de ces micro-organismes repose sur l'isolement des producteurs d'IAA cultivables car les outils moléculaires font défaut. La biosynthèse microbienne de l'IAA peut impliquer plusieurs voies, comme la voie de la phénylpyruvate décarboxylase (utilisant le gène ppdC ) présente dans de nombreux micro-organismes phytobénéfiques. Ici, nous avons testé l'hypothèse selon laquelle des amorces PCR pourraient être développées pour quantifier les micro-organismes ppdC + et évaluer la diversité des allèles ppdC dans la rhizosphère et le sol en vrac. Des amorces ppdC efficaces ont été obtenues et validées in silico et en utilisant des ppdC + individuelssouches. Par qPCR, ils ont permis de mettre en évidence une forte abondance de microorganismes ppdC + dans différents types de sols en vrac et rhizosphériques, jusqu'à 8 log de copies ppdC par g de sol. OTU obtenues avec le séquençage Illumina d'échantillons de sol en vrac et rhizosphériques regroupés dans de nombreux clades englobant presque toute la diversité ppdC connue dans les environnements de sol, et indiquant le type de sol et les espèces végétales comme facteurs susceptibles de façonner la diversité allélique ppdC . En conclusion, ces nouvelles amorces ont permis la première analyse indépendante de la culture du groupe fonctionnel ppdC + des producteurs d'IAA dans des échantillons environnementaux.
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Journal articles
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https://hal.inrae.fr/hal-03533870
Contributor : Sabine Rossi Connect in order to contact the contributor
Submitted on : Wednesday, January 19, 2022 - 9:49:49 AM
Last modification on : Saturday, January 29, 2022 - 6:06:42 PM

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Cécile Gruet, Andréa Oudot, Danis Abrouk, Yvan Moënne-Loccoz, Daniel Muller. Rhizophere analysis of auxin producers harboring the phenylpyruvate decarboxylase pathway. Applied Soil Ecology, 2022, 173, pp.104363. ⟨10.1016/j.apsoil.2021.104363⟩. ⟨hal-03533870⟩

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