Les plantes aquatiques constituent un groupe végétal fonctionnel particulier, caractérisé non pas par une filiation taxinomique, mais par leur inféodation à un habitat étroitement lié à la présence d'eau. Relativement peu connue des botanistes comme du public, cette flore a été peu étudiée pour différentes raisons. L'accès à ces formations végétales est souvent peu aisé, qu'il s'agisse d'eau libre plus ou moins profonde ou de zones humides, les espèces sont souvent très polymorphes, la floraison, sur laquelle s'appuie généralement la détermination taxinomique, est discrète ou absente, les familles parfois très spécifiques à ces milieux et assez peu connues. De plus, de par sa structuration en patches épars, cette végétation se prête mal aux approches phytosociologiques. Même si quelques espèces sont bien connues du grand public, comme les nénuphars popularisés par les images d'étangs ou les tableaux de Monet ou les roseaux, la grande majorité est peu spectaculaire ou ressentie comme une nuisance par les usagers, en occupant les rives ou l'eau, induisant une gêne pour les pratiquants d'activités nautiques et les pêcheurs. D'autant plus lorsque ce sont des espèces exotiques envahissantes qui s'installent, apportant encore une confusion supplémentaire dans l'image perçue de la flore aquatique.