Le court-noué (CN) correspond à un dépérissement infectieux (népovirus) qui apparaît par taches au sein des parcelles. Cette maladie entraîne une dégénérescence progressive de la vigne qui conduit in fine à la mort des ceps. A l’heure actuelle, environ 60% du vignoble national serait touché, dont 30% de façon importante. Seize népovirus sont responsables de dégénérescence ou de dépérissement de la vigne. Cependant, le Grapevine FanLeaf Virus (GFLV) est le principal agent responsable. Il est transmis spécifiquement de plante à plante par un nématode ectoparasite du sol, Xiphinema index. Les nématodes, en piquant successivement deux ceps voisins dont les racines sont proches, inoculent le virus du pied malade au pied sain. Au printemps, la végétation apparait languissante, il est fréquent d’observer sur rameaux un aplatissement (fasciation) ou un raccourcissement des mérithalles (entre-noeuds), une croissance en "zigzag", une division du rameau en "balais de sorcière". Les répercussions sur feuilles se traduisent par des troubles de la nervation, des déformations et des panachures réticulées ou diffuses du feuillage. Dans cette étude, le sol rhizosphérique ainsi que des racines de 4 ceps asymptomatiques et de 4 ceps symptomatiques ont été prélevés dans une parcelle de Champagne suivie depuis plusieurs années. Après extraction d’ADN et d’ARN, la diversité des GFLV ainsi que celle des champignons mycorhiziens à arbuscules (CMA) a été analysée. De plus, l’expression de gènes codant des fonctions d’intérêt dans les interactions plantes-CMA et plantes-GFLV a été mesurée. Nos résultats montrent que les ceps symptomatiques et asymptomatiques présentent des communautés fonctionnelles fongiques et virales différentes.