Améliorer l’efficacité alimentaire des animaux d’élevage permet de subvenir aux besoins nutritionnels de la population humaine, réduire les impacts environnementaux de l’élevage tout en réduisant les principaux coûts pour les éleveurs : l’achat d’aliments et exploitation des terres agricoles. Pour mieux comprendre l’efficacité alimentaire chez le porc, des lignées divergentes ont été établies, à partir d’un noyau de porcs de race Large White, sur le critère de Consommation Moyenne Journalière Résiduelle (CMJR), donnant, après 11 générations de sélection, une lignée de porcs dits efficaces (CMJR-) ou peu efficaces (CMJR+Durant ce projet, nous avons analysé des données complexes de séquençages haut débits concernant la méthylation et la transcription de l’ADN des deux lignées divergeant sur un critère d’efficacité alimentaire. Nous avons caractérisé le transcriptome du duodénum de ces deux lignées avant et après la prise alimentaire (n = 24). La réponse transcriptomique du duodénum à la prise alimentaire est plus importante que la différence de transcriptome entre les deux lignées de porcs. Les animaux CMJR- ont une réponse transcriptomique plus importante au passage du bol alimentaire que les animaux CMJR+. L’analyse de la méthylation de l’ADN à l’échelle du génome dans ces échantillons issus par précipitation d’ADN méthylés ont montré que le méthylome n’est pratiquement pas modifié par la prise alimentaire, mais les profils de méthylations du duodénum sont distincts entre les deux lignées. Ainsi, la forte réponse transcriptomique du duodénum suite à la prise alimentaire n’a pas d’impact sur le méthylome et ne semble pas liée à des changements de méthylation de l’ADN à l’échelle d’un repas. La sélection sur le critère CMJR a modifié la réponse transcriptomique du duodénum au passage du bol alimentaire, et a entraîné des différences de méthylation de l’ADN entre ces deux lignées