L’objectif du projet EcoSA est de mieux comprendre la relation entre S. aureus et son écosystème microbien dans les fermes, mais aussi d'identifier des solutions de biocontrôle de la mammite. La finalité de la thèse, qui s’inscrit dans ce projet, est de modéliser les communautés bactériennes de la mamelle, de la sphère intestinale et de l’environnement de la vache pour mettre en évidence la circulation des bactéries pathogènes et leurs interactions avec d’autres bactéries commensales. Pour cela, nous avons démarré un suivi longitudinal de lait, fèces, litière et filtre à lait dans plusieurs fermes d’Auvergne. Des analyses métagénomiques (qPCR, séquençage) seront effectuées sur l’ensemble des échantillons, afin de mettre en évidence les dynamiques des pathogènes et des communautés bactériennes commensales au cours de l’hiver dans les différents compartiments. La modélisation dynamique sera utilisée pour analyser (i) la circulation des principaux agents pathogènes responsables de mammites entre les vaches et les compartiments des fermes laitières (ii) les réseaux d’interaction structurant les microbiotes du trayon de la sphère intestinale et impliquant les pathogènes et (iii) la réponse aux perturbations anthropocentrées ou naturelles des écosystèmes microbiens étudiés. Nous présenterons l’avancement du projet, les échantillons déjà collectés et les difficultés et opportunités rencontrées.